Favicons je možné používat pro sledování uživatelů. Stačí je zkombinovat s otiskem prohlížeče (fingerprint) a přidat nějaká ta přesměrování. Nahrává tomu i to, že smazání cache prohlížeče nemaže favicons a fungují i v incognito/privátním režimu.
Podrobnosti v Tales of F A V I C O N S and Caches: Persistent Tracking in Modern Browsers (PDF)